Свою творческую карьеру начал в 1985 году в Московском государственном оркестре п/у В.Дударовой в должности солиста (флейта-пикколо), после чего был приглашен в БСО имени П.И. Чайковского п/у В.И. Федосеева, где проработал 11 лет. В 2001 году по приглашению главного дирижера В.Синайского работал в ГАСО России. С 2003 года по настоящее время — в Российском национальном оркестре. Параллельно является солистом оркестра ГАБТ России.
За время своей творческой деятельности, работая в ведущих творческих коллективах России, Николай Лотаков сотрудничал с выдающимися музыкантами и дирижерами современности, такими как Л.Паваротти, П.Доминго, Х.Каррерас, Д.Хворостовский, И.Перельман, П.Цукерман, В.Репин, В.Третьяков, Г.Кремер, М.Венгеров, Е.Кисин, Д.Мацуев, Дж.Белл, М.Ростропович, В.Гергиев, Р.Баршай, В.Синайский, М.Эрмлер, В.Федосеев, А.Лазарев, К.Нагано.
В составе камерных ансамблей участвовал в фестивалях «Декабрьские вечера Святослава Рихтера» (1984, 2006 гг.) и др.
Исполнительскую практику Н.М. Лотаков много лет сочетает с педагогической, являясь преподавателем класса флейты в Академическом музыкальном училище при Московской консерватории имени П.И. Чайковского (1994 — 1999 гг. и с 2005 г. по настоящее время). Также преподавал в Государственном училище духового искусства.
Многие его ученики являются лауреатами различных конкурсов, стипендиатами фондов В.Спивакова, «Новые имена», многие успешно поступили и окончили Московскую государственную консерваторию и работают в ведущих коллективах Москвы.