Ален Марион родился в Рождество, 25 декабря 1938 года. Обучение игре на флейте начал в Марсельской Консерватории (Marseille Conservatoire) с отцом Жана-Пьера Рампаля, Жозефом Рампалем, окончив её в возрасте 14 лет с первой премией. Затем поступил в Парижскую Консерваторию (Conservatoire de Paris), где оттачивал своё флейтовое мастерство уже под управлением самого Жана-Пьера Рампаля.
Широкую известность Марион приобрёл после победы в авторитетном международном конкурсе в Женеве, в 1961 году, после чего началась его блестящая карьера. В 1964 году, в возрасте 26 лет, он занимает позицию солиста в национальной компании телерадиовещания Франции. Несколькими годами позже он переходит на аналогичную должность в Оркестр Парижа (Orchestre de Paris), затем становится одним из основателей Национального Оркестра Франции (Orchestre National de France), где занимает позицию солиста с 1972 года. Позже, в 1977 году переходит в камерный оркестр Ensemble InterContemporain под управлением легендарного Пьера Булеза (Pierre Boulez).
На счету Алена Мариона создание множества записей концертов таких композиторов как Франсуа Девьен (Francois Devienne), Бернар Молик (Wilhelm Bernhard Molique) и Жак Ибер (Jacques Ibert), произведения которого признаны одними из самых сложных сочинений для флейты. Особое место в сердце Мариона также занимала музыка композиторов барокко, он черпал вдохновение из их работ. Кроме того, его записи с музыкой чешского композитора Богусалва Мартину (Bohuslav Martinu) получили знак отличия со стороны авторитетного журнала «Граммофон».
Большую часть профессиональной деятельности Ален Марион уделял преподаванию — он являлся профессором Парижской Консерватории, а с 1969 года ежегодно преподавал в Международной летней академии в Ницце (Académie internationale d’été in Nice), став её директором в 1986 году. Его авторитет привлекал в Академию в качестве педагогов лучших музыкантов — Жана-Пьера Рампаля, Джесси Норман (Jessye Norman), Генрика Шеринга (Henryk Szeryng) и многих других. Среди его учеников всемирно-известные флейтисты, в частности — Петер-Лукас Граф (Peter-Lukas Graf), Тригве Петерсон (Trygve Peterson), Шарон Безали (Sharon Bezaly).