Матьё Дюфур родился в Париже (Франция) в 1972 году, обучение по классу флейты начал в возрасте восьми лет под руководством Мэделин Чассанг (Madeleine Chassang), а продолжил с Максансом Ларьё (Maxence Larrieu) в Национальной высшей консерватории музыки и танца Лиона (Conservatoire National Supérieur Musique de Lyon).
Матьё Дюфур отличился в рамках множества авторитетных международных конкурсов, среди которых — второе место на конкурсе имени Жана-Пьера Рампаля в 1990 году, третье место на международных соревнованиях в Будапеште в 1991 году, а также второе место на Соревнованиях в Кобе в 1997 году.
Яркая музыкальная карьера Матьё Дюфура началась для него в возрасте 20 лет, в 1993 году, именно в этот период он занимает позицию солиста в Национальном оркестре Капитолия Тулузы (Orchestre National du Capitole de Toulouse). Спустя 3 года, в 1996 году он становится солистом оркестра Парижской национальной оперы (Orchestre de l’Opéra National de Paris). А в 1999 году, по приглашению израильского дирижера Даниэля Баренбойма (Daniel Barenboim), он переходит на должность солиста Симфонического оркестра Чикаго (Chicago Symphony Orchestra), в котором остаётся на протяжении 15 сезонов. С 2014 года Матьё Дюфур занимает позицию солиста Берлинской Филармонии (Berliner Philharmoniker), сменив на этой должности немецкого флейтиста Андреаса Блау (Andreas Blau).
Также сольная карьера Матьё Дюфура представлена выступлениями под руководством таких дирижеров как Пьер Булёз (Pierre Boulez), Даниэль Баренбойм (Daniel Barenboim), Кристоф Эшенбах (Christoph Eschenbach), Фабио Луизи (Fabio Luisi), Николас МакГеган (Nicholas McGegan) и многих других. В качестве камерного исполнителя он сотрудничал с Мицуко Утида (Mitsuko Uchida), Пинхасом Цукерманом (Pinchas Zukerman), трио Kalichstein-Laredo-Robinson и Юлией Фишер (Julia Fischer).
Его сольные концерты проходили в Японии, США, Канаде, Европе, Израиле и Южной Америке и транслировались на французском канале Mezzo и японском телевидении. Дискография Матьё Дюфура представлена сольным исполнением произведений Сергея Прокофьева, Богуслава Мартину, Франсиса Пуленка, Альбера Русселя, Пауля Хиндемита (опера «Гармония мира»).
Матьё Дюфур ведёт активную преподавательскую деятельность, делясь опытом с подрастающим поколением флейтистов. Он регулярно проводит мастер-классы в различных уголках земного шара, а также его уроки проходят в Университете де Поля в Чикаго (DePaul University) и ежегодно в рамках Фестиваля Академии Domaine Forget в Канаде.