Мария Федотова родилась в Санкт-Петербурге. Музыкой начала заниматься в возрасте 5 лет, и уже в
В 1991 году, в возрасте 19 лет, Мария становится солисткой Большого симфонического оркестра им. П.И.Чайковского под управлением Владимира Федосеева, виртуозно сочетая оркестровую работу с насыщенной сольной карьерой. А в 1996 году она оканчивает Санкт-Петербургскую консерваторию по классу Вавилиной-Мравинской А.М. С 2012 года Мария — солистка Оркестра Мариинского Театра под управлением Валерия Гергиева.
На счету Марии Федотовой участие в международных фестивалях в Базеле (Les muséiques), Сент-Морице (Snow and Symphony), Париже (Bach et la transcription), Брюсселе (Europalya), Зальцбурге, Вербье, Брегенце, Гштаде, Эльмау и многих других европейских городах. Европейская пресса называет её «музыкантом мирового класса» и «флейтисткой, которая способна была поразить уже одной только виртуозностью, однако ее способности и артистизм прямым путем ввели нас в музыку и окружили ею. Мы общались с самою идеей, а не с технологией ее реализации, и при этом испытали вкус приключения, доселе неизведанного».
В качестве приглашённой солистки Мария выступала в составе Венского филармонического оркестра, Лондонской филармонии. Работала под управлением таких дирижёров как Владимир Федосеев, Юрий Темирканов, Теодор Курентзис, Владимир Юровский, Юстус Франтц, Александр Титов, Роман Кофман, Арнольд Кац, Саулюс Сондецкис, Алим Шахмаметьев, Йоханнес Вильднер, Айвор Болтон.
Творческий репертуар Марии Федотовой включает четыре столетия музыки от эпохи барокко до современных сочинений. Она виртуозно сочетает классику с авангардом, а традиционные программы с альтернативными. В её исполнении состоялись премьеры для российской и европейской публики произведений таких композиторов как Кристофер Роуз, Нед Рорем, Леонард Бернстайн, Тору Такемицу, Борис Тищенко, Владимир Мартынов, Вячеслав Гайваронский, Элиот Картер, Роланд Фрайзитцер, Томас Хайниш, Томас Майер, Вера Янарчекова, Павел Карманов, Кшиштоф Зграя, Арвидас Мальцис, Игорь Вдовин.
Мария Федотова ведёт активную педагогическую деятельность — с 2012 года она является преподавателем Санкт-Петербургской консерватории им.Н.А.Римского-Корсакова, а её мастер-классы регулярно проходят не только по всей России, но также в Японии, Португалии, Литве.