Обучался в Центральной музыкальной школе при Московской консерватории им. П.И. Чайковского в классе профессора Юрия Николаевича Должикова. С 8 лет началась его публичная концертная деятельность по России в качестве солиста и в составе ансамблей. Будучи учеником ЦМШ, был принят в члены Национальной ассоциацией флейтистов США. Получил высшее образование в Московской консерватории, затем окончил аспирантуру. Стажировался в Парижской консерватории у профессора Алена Мариона.
В тот же период был приглашён в Международную благотворительную программу «Новые Имена», а в последствии, стал лауреатом программы. Вместе с «Новыми именами» участвовал во многих зарубежных поездках, в том числе как солист выступал в Кеннеди центре (Вашингтон), в Вене, в Брюсселе, в Афинах и др.
В качестве солиста выступал в Испании, Франции, Хорватии, Австрии в том числе с такими дирижерами как Зубин Мета (концерт, посвященный Юнеско в Париже), М. Ростропович (фестиваль во Франции в городе Эвиан), Ю. Башмет (музыкальный фестиваль в городе Тур, Франция).
С 1996 года работает в Большом симфоническом оркестре им. П. И. Чайковского под управлением Владимира Федосеева. С 2012 года — концертмейстер группы флейт.
С 2021 года — солист МАМТ им. Станиславского и Немировича-Данченко.
Илья Лебедев отмечен наградами:
- Лауреат Всесоюзного конкурса (1 премия).
- Благодарность от Министра культуры РФ В. Мединского (2019)
- и Благодарственное письмо от Министра культуры РФ О. Любимовой (2021)
- Благодарственная грамота от президента РФ В.В. Путина.