Эмили родилась в 1969 году Уэльсе, обучение игре на флейте она начала в Королевском Музыкальном Колледже с Маргарет Огоновски, затем училась в Королевской Академии под руководством Уильяма Беннетта, а далее совершенствовала своё мастерство с Аленом Марионом в Париже.
Эмили Бейнон настоящий музыкальный новатор, специально для неё создавали произведения такие выдающиеся британские композиторы как — Джон Вулрич, Салли Беамиш, Джоннатан Дав, Эроллин Уаллен и Роксанна Пануфник. В 2008 году издательство Universal Edition выпустило книгу «Проект Флейта: новые пьесы для флейты соло» — при создании этой книги Эмили работала с Мэтью Дюфором (Симфонический Оркестр Чикаго), Казуши Саито (Филармония Токио) и Эммануэлем Паю (Берлинский Филармонический Оркестр).
Уже в 2002 году Эмили Бейнон становится членом Королевской Музыкальной Академии. Кроме работы в Royal Concertgebouw Orchestra, она также выступает в качестве концертирующей флейтистки с Оркестром BBC, NHK Symphony, Камерными Оркестрами Вены, Праги, Нидерландов и Англии, Академией St.Martin-in-the-Fields.
Эмили Бейнон ведёт активную образовательную и социальную деятельность — её интервью часто можно услышать на радио ВВС и Classic FM, а также она снялась в нескольких телевизионных документальных фильмах для ВВС, Thames и AVRO (Нидерланды). Её мастер-классы проходят по всему миру, в течение 11 лет она преподавала в Королевской Консерватории в Гааге, затем 2 года в Амстердамской Консерватории, после чего в 2009 году вместе с бизнес-леди (и флейтисткой-любителем) Сюзанн Вульф, Эмили создала Академию Флейты в Нидерландах.
Эмили Бейнон играет на золотой 14K флейте американского бренда Wm. S.Haynes.