Немецкий флейтист и композитор, сын дирижёра Карла Прилля (1838-1876), который был первым учителем музыканта по игре на флейте. Уже в начале творческого пути гастролировал с концертами по Германии, Швеции, Дании и России.
С 1881 по 1883 гг. учился в Берлинской Высшей школе музыки у Иоахима Андерсена, в которой преподавал 30 лет с 1903 по 1934 гг. Некоторое время работал в оркестрах Санкт-Петербурга и Москвы, в 1888 г. в Царской Музыкальной Школе в Харькове. С 1889 по 1892 гг. — солист Филармонического оркестра в Гамбурге, после (с 1892 г.) — солист в Берлинской Опере.
Эмиль Прилль принял участие в изобретении ми-механики на флейте системы Теобальда Бёма. Играл на золотой флейте, сделанной для него немецким флейтовым мастером Эмилем Риттерсхаузеном.
Эмиль Прилль — автор этюдов, школы игры на флейте (для флейт системы Бёма), переложений для флейты. Автор путеводителя по флейтовой литературе (1899).
