Окончила Среднюю специальную музыкальную школу Санкт-Петербургской государственной консерватории им. Н.А. Римского-Корсакова (класс Михаила Крайца), затем, в 2001 году — Санкт-Петербургскую консерваторию (класс профессора Глеба Никитина).
Флейтистка является лауреатом Международного конкурса исполнителей на деревянных духовых инструментах в Москве (II премия, 1994) и Международного конкурса юных исполнителей академической музыки «Концертино Прага» (Чехия, II премия, 1996).
Кроме того, в 1997 году, будучи студенткой консерватории, Аглая Шуплякова была удостоена звания победителя конкурса грантов «Музы Санкт-Петербурга». В качестве ансамблистки выступала в лучших концертных залах Санкт-Петербурга, Москвы, Португалии.
С 2000 года является солисткой и артисткой Симфонического оркестра Мариинского театра.