Бартольд Кёйкен родился 08 марта 1949 года в местечке Дилбек, Бельгия. Обучался игре на флейте в Консерватории Брюгге, а также в Королевских консерваториях Брюсселя и Гааги (Royal Conservatory of Brussels and The Hague). В этот период начал интересоваться игрой на блок-флейте и изучать старинную музыку XVII и XVIII веков, проводя собственные исследования и сочетая аутентичные инструменты с различными флейтами и произведениями для органа, благодаря чему был признан мастером игры на подлинных инструментах в международном флейтовом сообществе.
Наибольшую известность Бартольд Кёйкен получил за новаторскую манеру исполнения музыки европейского барокко, а также в его репертуаре представлены классические произведения таких композиторов как Моцарт, Шуберт, Гайдн. На счету музыканта запись множества дисков, в сотрудничестве с лейблами Sony Classical, Harmonia Mundi, Accent, Naïve, EuroArts.
Бартольд Кёйкен выступал в составе немецкого камерного оркестра, одного из старейших «барочных» оркестров «Collegium Aureum», а также известного бельгийского ансамбля старинной музыки «La Petite Bande». Кроме того, он регулярно даёт совместные концерты по всему миру вместе с братьями — известным виолончелистом и гамбистом Виландом Кёйкеном (Wieland Kuijken), скрипачом, альтистом и дирижёром Сигисвальдом Кёйкеном (Sigiswald Kuijken), а также с клавесинистом и органистом Густавом Леонхардтом (Gustav Leonhardt).
Бартольд Кёйкен ведёт активную преподавательскую деятельность — его занятия по классу флейты эпохи барокко проходят в Консерваториях Брюсселя и Гааги, а мастер-классы очень востребованы и проходят по всей Европе. В 2007 году получил первую докторскую степень в музыке в Брюссельском свободном университете (VUB). Среди его учеников — лауреаты международных конкурсов и выдающиеся музыканты, в числе которых Бенедек Чалог.